Marcos Paulo deixou o Brasil aos 18 anos para concretizar o seu sonho de jogar no futebol europeu e, assim, ir construindo a sua carreira. As primeiras temporadas foram ao serviço do Le Mans, em França, entre a equipa B e a equipa principal.
Em 2010/2011, o defesa brasileiro abraça uma nova oportunidade – desta feita, em Portugal, na UD Leiria, que disputava a Primeira Liga. Após dois anos na Cidade do Lis, surge a mudança para a Cidade dos Estudantes, onde defendeu as cores da Académica, também no principal escalão do futebol português.
À procura de novas experiências no futebol europeu, Marcos Paulo seguiu para a Grécia. Ficou no Panetolikos, da primeira divisão grega, durante quatro épocas, até voltar ao futebol português e à Académica, em 2019/2020 – na altura, já na Segunda Liga.
Seguem-se duas subidas de divisão: a primeira pelo FC Vizela (2020/2021) e a segunda pelo SC Farense (2022/2023). Pela equipa algarvia, Marcos Paulo realizou 32 jogos, dos quais resultaram um golo e duas assistências. Foi a sua última temporada antes de assinar pelo FC Paços de Ferreira a título definitivo.
